中医认为，花椒性温，味辛，有温中散寒、健胃除湿、止痛杀虫、解毒理气、止痒祛腥的功效;可用于治疗积食、停饮、呃逆、呕吐、风寒湿邪所致的关节肌肉疼痛、脘腹冷痛、泄泻、痢疾、蛔虫、阴痒等病症。温中止痛、除湿止泻、杀虫止痒。主脾胃虚寒之脘腹冷痛;蛔虫腹痛;呕吐泄泻;肺寒咳喘;肺寒咳喘;龋齿牙痛;阴痒带下;湿疹皮肤瘙痒。
1、花椒中有一种物质对人起到镇痛作用：花椒水提物5-10g/kg和醚提物3.0-6.0ml/kg对乙酸引起的小鼠扭体反应有明显的抑制作用，水提物P均<0.05，醚提物3.0ml/kg(P<0.05)，醚提物6.0ml/kg(P<0.01)，其中醚提物的作用较水提物强，且呈剂量依赖性。
2、抑菌作用：本品挥发油11种皮肤癣菌和4种深部真菌均有一定的抑制和杀灭作用，其中羊毛样小孢子菌和红色毛癣菌最敏感，MIC低于0.1HL/ml，MFC为0.1HL/ml。实验证实月桂氮卓酮和二甲基亚砜能促进挥发油进入真菌细胞内加速细胞死亡。
3、花椒可以驱虫：因为花椒中所含挥发油在保温的任氏液中能使猪蛔虫严重中毒。
4、其他作用：本品所含的茵芋碱有麻黄碱样作用，但强度较弱，可升高麻醉猫血压，增强瞬膜收缩，加强肾上腺素对血压及子宫的作用，加强猫或兔的在位子宫收缩，抑制小肠收缩及扩张冠状血管，提高横纹肌张力，加强脊髓反射兴奋性。有较强的抗菌作用。
用花椒煎水，趁热熏蒸沐浴，可以对人体起到消炎镇痛、收敛止血，更能改善创面血液循环，促进肛门的括约松弛，帮助肛裂尽快愈合。